成功设置了POP系统搬迁之后，还可以进行IMAP系统搬迁吗？

不可以。

管理员在后台创建搬家参数，如：服务器地址、协议等，并不代表会主动为帐号创建搬家。只有当帐号登录时才会管理员设置的参数来创建搬家，创建后就不会变了，除非帐号在webmail里面自己修改。

所以修改域名的系统搬迁设置不会影响已成功创建搬家的帐号，因为已经标记为成功搬家的帐号登录时不会再触发创建搬家的动作了。